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U.C.0079, 그 후로 지구권에서는 '1년 전쟁'이라 불리는 싸움이 한창이었다. 지구 연방군의 젊은 소위인 시로 아마다는 지구로 부임하던 중 지온군의 여성 파일럿인 아이나 사하린과 전쟁터에서 만난다. 적이지만 서로에게 끌리는 두 사람. 하지만 각자가 처한 상황 탓에 그들은 자신이 있어야 할 곳으로 돌아간다. 지상의 코지마 대대에 취임한 시로는 제08 MS 소대의 대장이 된다. 반항적인 대원과의 마찰, 낯선 환경에서의 가혹한 임무 등 수많은 고난이 시로에게 닥친다. 하지만 시로는 그러한 역경을 극복하고 대원들의 두터운 신뢰를 받는 소대장으로 성장해 나간다. 한편, 아이나는 자신의 오빠 기니어스 사하린을 구하기 위해 지구에 와 있었다. 아이나는 오빠가 개발하는 비밀 병기 아프사라스의 파일럿으로서 전장에 뛰어든다. 우주에서 끊어진 두 사람의 인연을 전쟁이라는 비정한 현실이 이으려 하고 있었다.