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영웅들의 활약으로 세계는 다크 마스크에 의한 붕괴 위기에서 평화를 되찾았고,
영웅들은 각자의 장소로 돌아갔다.

그로부터 수년 후…
나이트 월드 각지에서 “Z족”이라고 일컫는 무리가 세력을 키우며 아서 왕 체제의 전복을 도모하고 있다는 불온한 소문이 돌기 시작한다.
나이트 월드의 수장인 아서 건담 Mk-Ⅲ은 자신의 조카인 나이 어린 나이트 스트라이크 건담에게 이에 대한 조사를 명한다.
소문의 진상을 파악하기 위해 나이트 스트라이크 건담은 카멜롯 성을 뒤로하고 여행길에 나선다.